花菁染料Cy3，常被应用于生物分子标记，荧光成像及其他荧光生物分析。Cy3是一种可用于点击化学反应的荧光团。该炔是非水溶性的。但当与有机助溶剂（DMSO或DMF）一起使用时，该染料可以有效地附着在水溶性分子如蛋白质或肽上。